3 ANNI DI COVID
by
Manlio De Domenico https://twitter.com/manlius84/status/1608408464552005632 ,
Alex Vespignani https://twitter.com/alexvespi/status/1608505835386245123 ,
Gianluca Codagnone https://twitter.com/gianlucac1
Stigma should not be on China pandemic policy, or on the immunocompromised, or else. Stigma should go to this generation, to all of us, which in 3 years wrecked 200 years of progress in public health and undercut massively life expectancy almost everywhere.
Qualcuno (che in 3 anni avrebbe potuto prendere una laurea in epidemiologia, ma preferisce chiedere i vostri soldi) continua a diffondere informazioni errate, questa volta sul caso Cina. Vediamo perché, rispolverando un po’ di storia recente e adattandola ad oggi.
La storia parte da Wuhan: 3 anni fa. Il @nytimes con alcuni team di esperti, tra cui quello di @alexvespi, fece un ottimo lavoro[1] di visualizzazione della “dinamica”, e quindi utilizzerò quella, commentandola a passi. Poi potremo discutere di oggi.
Ecco una rappresentazione realistica dei flussi di viaggio da e per la Cina: immaginiamo ogni puntino come una persona che si sposta da un posto all’altro. Nel Gennaio 2020 l’idea fu: “se blocco la mobilità, risolvo il problema”. Lineare no? Sì, ma purtroppo sbagliato.
Qui ecco un’altra grafica realistica della rete di mobilità umana in Cina. Si chiama “mobilità domestica” perché mappa i movimenti tra diverse parti dello stesso paese, al contrario della grafica precedente, che mappava quella tra paesi diversi.
Dal momento in cui il virus è apparso, si è diffuso silenziosamente nella popolazione di Wuhan. Indisturbato, grazie al passaggio di qualche viaggiatore ha raggiunto le principali città cinesi PRIMA che qualche azione fosse intrapresa.
A questo punto la dinamica che tutti conosciamo si è verificata: a Wuhan un grande focolaio ha attirato l’attenzione delle autorità cinesi (e non solo). Ma il virus era anche altrove, con nuovi focolai che si stavano sviluppando.
Ed ecco il primo passaggio cruciale: Wuhan viene isolata con un lockdown. Vediamo che la mobilità domestica è stata smantellata da questa azione. Ma… ricordate che il virus è già in altre città, non ancora soggette a restrizioni? Ebbene, il virus ha fatto quello che gli riesce meglio: si è diffuso. I piccoli focolai sono cresciuti a dismisura in tutta la Cina, e quindi anche in città con aeroporti, come Wuhan.
In questa grafica vediamo i flussi di mobilità internazionale da Wuhan verso le principali città del mondo, dall’Est asiatico al Nord America Mentre Wuhan non era ancora in lockdown, flussi di persone contagiate si sono spostate dappertutto. E così da Pechino, etc.
Oltre 30 città in 26 paesi nel mondo sono state raggiunte PRIMA del lockdown di Wuhan, portando le scintille che avrebbero generato nuovi focolai. Nel mondo sarebbe successo quello che abbiamo visto poco fa con la Cina.
Lo so, non è il 2020: 0. sappiamo che ci sono gli asintomatici,
1. testiamo e sequenziamo meglio il nemico, 2. siamo vaccinati.
Verissimo. Infatti, non credo ci sia ragione per preoccuparsi: non vi saranno nuove restrizioni. La questione è: cosa possiamo fare?
Alcuni paesi, tra cui l’Italia, si sono mossi con azioni sui flussi dalla Cina. Testiamo chi viene direttamente dalla Cina? Certo, e quelli che hanno fatto scalo altrove, prima del rientro? Se non li testiamo, non abbiamo concluso nulla: il mondo è interconnesso.
Ma mettiamoci nel caso migliore (ma irrealizzabile): un test molecolare a chiunque sia stato in Cina o abbia avuto un contatto con una persona che è stata in Cina negli ultimi 7-10 giorni. Andrà bene, no? Ebbene no.
In 3 anni non è stata sviluppata la capacità necessaria per fare test molecolari rapidi su grande scala: la logistica e le infrastrutture richieste sono (ancora oggi) fuori dalla nostra portata. Se non testiamo tutti, qualcuno farà breccia. Se testiamo tutti, ingolfiamo tutto.
Ammettiamo di avere i risultati in meno di 15 min per TUTTI. I positivi andrebbero adeguatamente gestiti: vitto e alloggio. Questo ricorda gli “hotel quarantena” dell’Australia, che non hanno avuto gli effetti previsti.
Ricapitolando: chiudere i voli aiuta a diminuire i flussi, ma NON risolve il problema. Diminuendo i flussi avremo comunque problemi di logistica non indifferenti perché in 3 anni nessuno si è curato di preparare un piano di azione. Sappiamo solo inseguire il virus correndogli dietro.
Questi 3 anni ci sono costati milioni di morti, ma non abbiamo (ancora) investito sul futuro per evitare che riaccada una cosa simile. OK, ma dobbiamo avere paura adesso di chi viene dalla Cina? Per rispondere con certezza, dovremmo avere i dati di sorveglianza genomica, ma anche quelli scarseggiano, soprattutto in Italia, per via dei tagli ai costi.
Quello che vediamo è una piccolissima parte di quello che sta circolando. D’altro canto, la Cina non condivide molto: non siamo al buio, ma diciamo che abbiamo solo un piccolo lumino per leggere.
Ma allora facciamo un lockdown? NO! Nessun addetto ai lavori/persona assennata oggi immagina che farlo sarebbe utile (si veda il caso di Wuhan sopra, per il perché).
Questo è il mondo che abbiamo scelto, decidendo di vivere con il virus. Piaccia o meno, è così. E quindi?
Quindi non possiamo praticamente fare nulla che abbia un impatto rilevante. È tardi. Abbiamo abbandonato la scienza per affidarci alla speranza che non appaiano nuove varianti più pericolose. Il nostro mondo connesso le farà circolare ovunque, finché ce ne saranno.
Testare in Italia chi è stato in Cina negli ultimi giorni ci aiuterebbe, al più, a capire quali varianti stanno circolando lì. Tutto il resto serve solo a darci qualche giorno di tempo in più e a dare l’idea che i decisori hanno la situazione sotto controllo e agiscono.
Manlio De Domenico
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The discussion of targeted travel restrictions/screening is flaring up because of China’s epidemic trajectory. They have limited effect when arrival countries have high infections levels and uncontrolled transmission. https://science.org/doi/10.1126/science.aba9757 https://pnas.org/doi/10.1073/pnas.2002616117
Moreover, because of the global mobility network, the sources of introduction changes substantially and rapidly through time. Reactive strategies are generally chasing a moving target and may provide a false sense of security. https://nature.com/articles/s41586-021-04130-w
A discussion of these points has been offered several times during the pandemic (https://newyorker.com/news/annals-of-inquiry/will-the-omicron-travel-restrictions-work) This however does not mean we should stop all testing and screening at the border, but policies have to be implemented toward rational objectives wrt local epi situation.
For instance, with high levels of local transmission, border screening and testing -gain situational epi awareness in the targeted countries -monitor the emergence & introduction of new variants (sequencing). See @adamjkucharski et al https://thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(22)00366-X/fulltext
A thorough discussion of border/travel/quarantine policies wrt objectives and capacity can be found here https://nap.nationalacademies.org/catalog/26599/
Alex Vespignani
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THE WESTERN WORLD PANDEMIC NARRATIVE AND MANAGEMENT IS JUST MISERABLE: ON CHINA
For months the advocacy of the western world was “CHINA MUST END ZEROCOVID” the virus itself, pandemic size, liberty infringement, inflation, immunoharm … everything was due to China;
there have been UNRELENTLESS articles of the Financial Times, WSJ and the likes bashing China zero-covid epidemic management all very debatable, to say the least I will refrain from commenting on China pandemic management spill-over on economies,
because that is what I do for living (forecasting) and I don’t want commentators to look below miserable (Spoiler: China pandemic management was if any, deflationary, because China never lock-downed the entire economy, WHILE we did)
now, China has reopened and, guess, Sars2 is spreading quick (what a fucking surprise).
Western world reaction: lets sequence all incoming passenger from CHINA!!!! they could bring in new variants!!! ok, genotyping is a good thing we should know what is going on.
Pity is that if it wasn’t for a group of worldwide Volunteers which I am proudly part of, genotyping has been completely abandoned by western Governments as a pandemic surveillance tool as the current western pandemic policy stands (let it rip- GBD Tm), sequencing Chinese passengers is epidemiologically worth zero (see Kucharski[2]), as we have BY CHOICE sustained local transmission chains.
So, basically border sequencing while you have sustained and uncontrolled local transmission chains is like …
Now, assume that Border sequencing discovers a new nasty variant Is EU Pandemic management gonna revert to “elimination” or “suppression” or even “mitigation”, or “eradication” ya let me know folks, but I doubt that very much.
if a new variant takes hold in EU/USA after bashing China even more (Commentator here asks: well, they opened now, wtf you want??) We are going to solve it, by being told that “we are boosting our hybrid immunity further by being infected with the new variants” .
“Hybrid mix and match immunity” is gonna be the new black so again .. what we see has nothing to do with virus, pandemic or science it is just politics, stigma, and a lot of bullshit.
Gianluca Codagnone
ON VIRUS EVOLUTION
Lot of people believe that Chinese infections will not play a big role in shaping Sars2 evolution. Here an example: https://twitter.com/kallmemeg/status/1608580870193184768?s=20&t=oy-1Tbb40PpLJNPgnlo4mw
My thought: possible, but against odds. Why?
- STEPWISE EVOLUTION: as @shay_fleishon brillantly explained, since Omicron arrived, we have assisted to a proliferation of sub-lineages (children of Omi) in a sort of
Here a chart by @rquiroga777 and one by @dfocosi
Is this due to Omicron facing different population immunowalls pressure, but having enough plasticity to maintain fitness? Most likely, as transmission bottleneck is low and virus has no major obstacles transmitting inter-host.
On transmission bottlenecks:
@jbloom_lab https://biorxiv.org/content/10.1101/2022.02.09.479546v1
et al https://science.org/doi/10.1126/science.abg0821 @CT_Bergstrom
https://pnas.org/content/96/9/5095
So, despite a very tight transmission bottleneck we have now a quite remarkable stepwise evolution not short of amazing
for now the stepwise evolution has produced variants/clades which have had a limited change in disease manifestation (I am skipping long covid characterisation of different omi sublineages, because we have no data yet), and severity
although Omi children are still putting all Health system under pressure, causing measurable extra mortality (5-8% on my estimates) where we have real time data, harming a sizeable percentage of the population due to Long Covid,
a percentage that is big enough that even central banks have measured it as 1-5% of a reduced labour force.
Thanks to vaccines and previous infections, those who have survived have a certain grade of “functional immunity” (aka they don’t die or suffer severe disease);
we don’t know if the recombinants, or the saltation children of Omi will change dramatically the disease presentation; so far it didn’t happen, but who knows this IMHO is the current state of art of Omi evolution.
Is it a good/bad equilibrium? Bah, you judge (for me is bad, but I count 0) is this the situation which China is going to face short term? Co-circulation of Omi children soup? like most of the world? most likely BUT unfortunately this likely scenario doesn’t end the story.
2)EVOLUTIONARY “JUMP”: as @GuptaR_lab @PeacockFlu @Tuliodna and others have shown
the variants which achieved world dominance after WT, were uncontestably Alpha, Delta, Omicron and they were all “brewed” thanks to a long infection into an immunocompromised (intra-host) the intra-hots selection pressure is far from clear, and the mechanism which take these variant to transmit inter-host even less clear.
But they shaped the epidemic, with completely different disease presentation.
China has an immunocompromised population, like the rest of the world.
The Chinese “immunocompromised” population reservoir was in 2020-2021-2022 spared from being infected.
Without judging Chinese pandemic policy (not my business) I would just say that up to 2022 China spared the world some extra-odds of a new immunocompromised generated variant being created.
Now, as prevalence/incidence of infections will grow even there, the possibility that Chinese immunocompromised people will be infected, will grow too.
So will the probability of an immunocompromised generated variant
is this changing materially the odds, considering that the rest of the world is already doing its best (sarcasm) to infect (and multiples times) all the immunocompromised? I have no clue, because I have no clue of the size of immunocompromised in China vs the rest of the world.
But the odds will probably go up. Therefore, I would stay shy from saying that “the more infections, the more we are ok and nothing changes” from the evolutionary standpoint because so far this has not been the case, stepwise or not.
Gianluca Codagnone
[1] https://www.nytimes.com/interactive/2020/03/22/world/coronavirus-spread.html Alex Vespignani:
Mi permetto di suggerire anche la seconda parte della visualizzazione del NYT: “How the virus won” https://www.nytimes.com/interactive/2020/us/coronavirus-spread.html
[2] https://twitter.com/adamjkucharski/status/1608136999671681025?s=20&t=AXuzfiDGkMObdsyHnQqFBQ
per/corsi di economia politica 